Op 30 juli 1914, enkele dagen voor het uitbreken van WOI, werden het HIW en Seminarie Leo XIII omgedoopt tot het Sint Thomas-hospitaal. Hoofdrolspelers waren Mgr. Simon Deploige, Armand Thiéry en hoofddokter Antoine Tits, maar ook vele vrijwilligers zoals prof. Alfred Nerinckx, Pierre Helleputte, dr. Joseph Boine en pater Valeer Claes. Hervé de Gruben meldde zich als oud-student van het HIW aan als brancardier: zijn oorlogsdagboek bevat een schat aan informatie. 

Het Sint Thomashospitaal werd opgericht onder de koepel van "Hospitalité de Notre Dame de la Croix", een vereniging van dokters, verpleegsters en brancardiers die jaarlijks als vrijwilligers de nationale Lourdesbedevaarten ondersteunden. Mgr. Deploige was voorzitter van die hospitaliteit, opgericht in 1895. 
  
De gewonden werden vanaf 10 augustus ondergebracht in verschillende zalen waaronder de Sint-Thomaszaal, de Rozenkranszaal en de Sint-Jozefzaal. Het noodhospitaal werd erkend door het Rode Kruis en werd zo een veilige haven tijdens de turbulente augustusmaand, toen Leuven in brand stond. In totaal werden er 730 gewonde soldaten en burgers verzorgd waarvan 369 Belgische soldaten en 301 Duitse soldaten. Het hospitaal heeft ongeveer een jaar gefunctioneerd.